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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Le profil s’inscrit dans le cadre du projet Equipex+ MUDIS4LS (Mutualised Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences), porté par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) afin de contribuer au partage et à la mutualisation entre les plateformes constitutives du NNCR (Réseau national de ressources informatiques) et à l’administration de l’infrastructure de calcul de Genotoul-Bioinfo.

L'IFB est une infrastructure nationale qui regroupe 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR3601).

Ces plateformes offrent un ensemble de services à destination des chercheurs en biologie et santé : expertise en analyse de données scientifiques, formations et infrastructures de calcul (clusters et clouds).

La task-force mutualisée NNCR est en charge de la gestion de l'infrastructure de calcul de l'IFB.

Elle est composée des administrateurs systèmes des plateformes IFB qui consacrent une part de leur temps pour aider à améliorer collectivement les services et infrastructures de l’IFB.

Environnement De Travail, Missions Et Activités

Vous serez hébergé·e sur la plateforme Genotoul-Bioinfo (membre de l’IFB), dans l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT) d’INRAE Occitanie-Toulouse. Cette unité développe des recherches en mathématique, informatique et statistique, motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l'environnement.

A hauteur de 80% de votre temps, vous inscrirez vos travaux dans le projet PIA3 MUDIS4LS et l’équipe de l'action IFB M1 - Calcul et stockage (NNCR), composée de 19 membres (6,2 ETP) répartis sur plusieurs plateformes et sites du réseau IFB et sur les deux types d’infrastructure (Cloud et Cluster).

Le NNCR (National Network for Computing Resources) regroupe en effet 18 infrastructures Cloud ou Cluster pour les sciences de la vie offrant au total environ 16 000 CPU, 160 To de RAM et 18 Po de stockage. Pour assurer le déploiement et la gestion de cette infrastructure, les administrateurs se portent sur les principes DevOps / Infrastructure-as-Code (IaC) : Git, GitLab-CI et Ansible.

Vos missions principales seront de travailler à la mise en place de solutions mutualisées et portables entre les infrastructures comme une solution de transfert de données à grande échelle (de type Globus), un mécanisme d’authentification unifié des utilisateurs au travers du NNCR ou encore un système de déploiement d’outils de bioinformatique et de banques de données mutualisé.

A hauteur de 20% de votre temps, vous travaillerez pour l’infrastructure de la plateforme Genotoul-Bioinfo, composée d’un cluster de calcul (+5000 cœurs, plusieurs Péta-octets de stockage), d’une centaine de serveurs et de machines virtuelles (sous Linux). Elle propose également plusieurs centaines de logiciels et de banques de données scientifiques accessibles en ligne de commande ainsi que différentes interfaces web proposant un accès simplifié à ces ressources.

Cette infrastructure de production est dédiée et adaptée au traitement de données en bioinformatique et s’adresse à la communauté académique (éducation et recherche) en science du vivant (+1100 utilisateurs). Sur la plateforme Genotoul-Bioinfo, votre première mission sera de déployer et maintenir en condition opérationnelle le service Open OnDemand (OOD) par l’intégration d’applications existantes ou de nouvelles pour répondre aux besoins des utilisateurs.

Votre lieu de travail sera situé à INRAE, Auzeville-Tolosane (31).

Vous serez formé-e à votre arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique.

Formations et compétences recherchées

Licence/Master (Bac+3/5)

Formation en administration systèmes et réseaux ou en développement informatique.
Compétences sur les systèmes d’exploitation Linux, les langages de script.
Compétences sur les technologies de virtualisation de conteneurisation.
Compétences sur les technologies de cloud et de déploiements d’applications.
Intérêt pour les infrastructures : les serveurs de calcul et de stockage de données.
Connaissance de l'outil de gestion collaborative de code versioning git
Connaissance des cycles de développement en intégration continue (CI)
Connaissance d'un outil de déploiement a

About the Company

Avec près de 2000 chercheurs, ingénieurs et techniciens, le centre INRAE Occitanie-Toulouse, ouvert sur l’innovation, est un lieu d’activités scientifiques pluridisciplinaires, biologie, biotechnologies, agronomie, sciences végétales, animales, gestion de la santé, sciences économiques, sociales et de l’information. Les équipes organisent leurs activités de recherche en réponse à trois grands enjeux : • des systèmes agricoles et forestiers plus durables et adaptés aux évolutions climatiques. • une gestion intégrée de la sant... Know more