Skills

Python Rust Bash Linux Unix/Linux

Job Specifications

Dans le cadre du renforcement des activités du Département des Sciences Analytiques, nous recherchons un(e) Consultant(e) expert(e) en Bio-Informatique pour apporter un soutien technique et méthodologique sur l'analyse de données génomiques, la validation des méthodes et la mise en place d'infrastructures de calcul.

Votre Mission : Stratégie, Pipelines et Support Opérationnel

Vous agirez en tant que référent(e) bio-informatique et interviendrez sur l'ensemble du cycle de vie des données, depuis la stratégie d'analyse jusqu'à la libération des lots GMP.

I. Conception et Mise en Place d'Outils

Infrastructures Cloud : Participer activement à la mise en place d'une plateforme de stockage et de calcul (Cloud Computing) pour les pipelines d'analyse bio-informatiques.

Développement de Pipelines : Mettre en place des pipelines d'analyses bio-informatiques standardisés (sous Snakemake) pour l'analyse des données de séquençage HTS (Illumina et Oxford Nanopore).

Stratégie d'Analyse : Participer à la définition des stratégies d'analyse, au criblage et à l'évaluation des différents outils d’analyse sur des jeux de données existants.

II. Support Opérationnel et Conformité

Analyse de Données : Réaliser l'agrégation de pipelines existants pour la détermination de l’identité et le séquençage de plasmides, et l'identification des micro-organismes dans les procédés de fabrication.

Qualification : Participer à la qualification des équipements de séquençage et des méthodes analytiques (rédaction de protocoles, réalisation d'analyses, rapports et analyse de risque).

Analyse de Lots : Assurer l'analyse des lots GMP et non GMP.

Maintenance et Transfert : Assurer la maintenance des pipelines d'analyse existants et leur transfert vers d'autres équipes.

III. Accompagnement et Formation

Assurer la formation des équipes de techniciens de laboratoire et mettre à jour les instructions d'utilisation (SOPs).

Fournir un accompagnement aux utilisateurs dans l'utilisation et l'interprétation des données.

Profil recherché
Profil :

Diplome : Ingénieur / Master

HTS (High-Throughput Sequencing) : Maîtrise des outils de QC, Trimming,

Expérience en Cloud computing et/ou calcul GPU.Analyse Prédictive : Annotation de génome, analyse structurale computationnelle, etc.

Maîtrise des environnements Unix/Linux (bash).Scripting/Workflow : Maîtrise d'un langage de scripting (Snakemake, Python, R, Rust, bash...).

Connaissance des outils de visualisation (IGV/jBrowse) ou d'analyse (CLCGenomicsWorkbench/Geneious).

Langue : Avoir un bon niveau d'anglais .

Connaissance de la Génomique bactérienne ou de la transcription des cellules eucaryotes.

About the Company

Enovalife (formerly known as Business & Decision Life Sciences) is part of the Orange Business Group, an international consulting and Systems Integration company listed on the Eurolist C exchange. Enovalife is specialized in the delivery of services and provision of solutions in the Life Sciences industry. With 25 years of experience, it supports its clients in the pharmaceutical, medical device, biotechnology, food and cosmetics industries. Core skills include the provision of a range of expert CRO and consulting serv... Know more

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